في إطار الجهود المبذولة من وزارة الأوقاف للإعداد الجيد والتدريب المستمر للأئمة والعاملين بها في جميع المجالات، قامت وزارة الأوقاف بتوقيع ستة بروتوكولات تكميلية مع ست جامعات هي: (جامعة عين شمس – جامعة أسوان – جامعة جنوب الوادي – جامعة العريش – جامعة مطروح – جامعة سوهاج) لفتح باب التقدم لتسجيل درجة الماجستير والدكتوراه المجانية بها ، حيث تكون المنحة مناصفة بالشراكة بين الأوقاف وهذه الجامعات ، بحيث تخفض الجامعة مصروفات الدراسات لمن يجتاز اختبارات القبول التي تعقدها الأوقاف بالشراكة مع الجامعة بنسبة 50% ، وتتحمل وزارة الأوقاف 50% ، ولا يتحمل الدارس أي تكاليف دراسية مادام مستمرًا في دراسته دون رسوب في أي من سنوات الدراسة ، فإن تعثر تحمل نفقات نفسه في الأعوام التالية، وذلك على النحو التالي:
جامعة عين شمس لأئمة القاهرة الكبرى.
جامعة أسوان لأئمة أسوان.
جامعة جنوب الوادي لأئمة قنا.
جامعة العريش لأئمة شمال سيناء.
جامعة مطروح لأئمة مطروح.
جامعة سوهاج لأئمة سوهاج.